La BCL est un établissement de droit public dont l'indépendance est prévue à la fois par sa loi organique et par le Traité de Maastricht. Cette indépendance se décline sous plusieurs formes : personnelle, institutionnelle, opérationnelle et financière. La première consacre l'indépendance du gouverneur en tant que membre en sa capacité personnelle du Conseil des gouverneurs de la BCE. Elle est matérialisée par l'attribution d'un mandat assez long (6 ans) et renouvelable. La seconde est d'application au gouverneur en tant que membre du Conseil des gouverneurs, mais également aux organes dirigeants d'une banque centrale nationale (BCN) qui ne doivent ni solliciter, ni accepter des instructions d'institutions ou d'organes tiers - européens ou nationaux - ou de gouvernements nationaux. Les deux autres formes doivent garantir à une BCN qu'elle pourra se doter des moyens techniques et financiers suffisants et lui permettant d'accomplir les missions qui lui incombent.
La justification de cette indépendance repose principalement sur le postulat de la neutralité de la monnaie à long terme. En d'autres termes, on suppose qu'à long terme, il n'existe pas d'arbitrage entre l'inflation et la croissance. Alors que la politique monétaire a des effets à court terme plus importants sur la production que sur les prix, les effets sur la production s'estompent dans le long terme alors qu'ils persistent sur les prix. Ainsi, à long terme, l'économie ne bénéficiera pas d'une croissance supplémentaire, mais devra faire face à une inflation plus importante.
Toute tentation d'utiliser la politique monétaire à des fins de relance économique à court terme doit donc être évitée, car cela pourrait avoir des effets négatifs sur l'inflation à moyen ou long terme. C'est pour cette raison qu'elle doit être confiée à une banque centrale indépendante. Les pouvoirs politiques, soumis à des échéances électorales régulières, pourraient en effet être tentés d'obtenir des effets positifs à court terme sans se soucier des effets à plus long terme.
Il reste à ajouter que la politique monétaire n'a pas d'emprise sur la volatilité des prix à court terme et que ses effets sur les prix sont décalés dans le temps.
La contrepartie de cette indépendance est notamment le devoir d'information envers le public (et donc de rendre des comptes par rapport à l'objectif fixé). Cette information se fait par le biais de discours et de publications telles que des bulletins trimestriels ou des cahiers d'études. De plus, la BCL est tenue par la loi de publier un rapport annuel qui est remis au gouvernement et à la Chambre des Députés.